【直播回放】CRISPR文库筛选实验流程及应用问答集锦
10月26日14:00,艾迪基因高级研发科学家张旭博士开展了主题为[CRISPR文库筛选实验流程及应用]线上课程,反响热烈。在最后答疑阶段,老师们提出了许多困惑已久的问题,并且得到了满意的解答,接下来,让我们回顾一下本次直播的精彩问答吧!
精彩问答
Q:如何确定我订购文库的质粒量?
A:确定文库质粒量要根据文库大小、包病毒量和实验组来确定,一般来讲,订购文库的量都是不够的,要进行文库扩增后才够的,比如几百微克,甚至上毫克,全基因组文库可能要达到毫克级。
Q:慢病毒包装后感染实验细胞药筛后是否需要测序?
A:可以测,这是一个质控的过程,看一下有多少sgrna感染多少细胞,sgRNA representation有多少,但是如果前期sgRNA文库质量做的比较好,这一步还是比较有保证的。
Q:药筛后的细胞是否可以冻存?传代后是否容易丢失?要在几代内完成加压试验?
A:一般来说,构建基因突变细胞池的时候,起始量很大,大到筛选完之后基本上可以直接进行加压实验,从而不进行过多的扩增。因为不同基因的敲除对细胞的影响是不同的,细胞之间会存在竞争,均一性大大下降,sgRNA容易丢失,因此在进行加压实验时,传代次数越少越好。
Q:单载体和双载体各有什么优势?选择哪种系统更好?
A:推荐使用双载体系统。(1)双载体可以很好评估cas9稳转株的Cas酶切活性,用单载体则很难评估,因为每个细胞整合的Cas酶的位置可能不一样。(2)cas载体很大,单载体系统包毒的时候要困难很多,细胞使用量增加,工作量增加(3)单载体很不灵活,进行一个筛选需要一个单载体,而双载体只需要构建sgRNA文库病毒就可以了。
Q:MOI值很高的话,怎么转染?
A:无论高还是低,都尽量保持转染效率在30%左右,如果MOI值很高,只能通过提高感染病毒量来使得最终实现30%的感染效率,为什么感染效率要保持在30%呢,因为这个时候是一个相对平衡的状态,是感染病毒的使用量还有整合了单个sgRNA的细胞的占比最高的时候。
Q:Cas9稳转株需要做到单克隆吗?
A:理论上是要做到单克隆。但TAKARA做过一个对比实验,最终结果是用多克隆好一些。
Q:不同文库种类优劣分析?选择哪种类型的文库更好?
A:目前我们接触比较多的还是敲除文库,它比干扰文库、激活文库更稳定些,但现在有人优化过激活系统,可能效果也不错。具体哪一个文库更好还是要具体问题具体分析。
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